A CBDU é constituída por 27 Federações Desportivas Universitárias Estaduais que formam a Assembléia Geral, órgão máximo da Entidade, que elege o Presidente e o Vice Presidente para um mandato de quatro anos, que nomeiam seus assessores, formando o Conselho Diretivo.

A missão executiva é deliberar sobre as necessidades para o melhor andamento das atividades do Desporto Universitário Brasileiro. Para dar suporte a esta operacionalização, a CBDU conta com o Departamento Técnico, o Departamento de Comunicação e Marketing e o Departamento Médico, todos instalados na sede própria da Entidade, em Brasília (DF).

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